Sin embargo, con las habilidades que las Frutas del Diablo conceden hay una gran debilidad, y esta es que quien se haya comido alguna será incapaz de volver a nadar, hundiéndose sin remedio. Cabe mencionar, que esto aplica a todo tipo de agua, no solo agua de mar como antes se creía.
Cuando Arlong tiró a Luffy al agua, este no podía estirar el cuello para sacar la cabeza fuera del agua para respirar, sin embargo, cuando Nojiko y Genzo se lanzaron para rescatarle, se aprecia que no había perdido la capacidad de estirarse; esto implicaría que cuando un usuario cae al mar, pierde la capacidad de utilizar los poderes que la fruta del diablo le otorga, pero no los poderes en un sentido estricto.
Un rumor común, como lo dijo Jyabura de CP9, dice que las Frutas del Diablo tienen realmente demonios adentro de ellas y que cuando dos de ellas están cerca, los demonios pelearan entre ellos y la batalla destruirá el cuerpo de quien se haya comido una fruta. Sin embargo, Blueno, otro miembro de CP9 contradijo tal rumor diciendo que los científicos de Grand Line descubrieron que el cuerpo de una persona solo se destruye si se comen dos Frutas del Diablo.
Los efectos de las Frutas del Diablo y del Kairouseki están siendo investigados por el Doctor Vegapunk, un científico de la Marina. Él fue quién desarrolló el método para que objetos se fusionen con las frutas del diablo.
Por último, recientemente Brook reveló que otra forma de hacer que las frutas del diablo pierdan su poder es ponerlas con contacto con un material marino. La principal en este caso fue sal.